成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　主要讲述假面腹黑的珠宝猎人高振赫（任宥纶 饰），意外跌落原始部落星河边落，被部落女首领星月（张雅钦 饰）搭救。星月把高振赫带回部落，想让高振赫成为她的男人。为骗走星星石，高振赫假意与星月成婚，并在事后逃离。希望寻回他和…

　　长今（李英爱 饰）出生在一个贱民家庭，他的父亲徐天寿原来当年曾是内禁卫军官，奉命赐予废太后允氏毒药，随后允氏的儿子燕山君登基继位，天寿为了保全自身，辞官而去。天寿在途中救了长今母亲，两人结为连理，隐姓埋名。岂料皇上燕…

　　国立爱丽丝研究机关学园本部不同于一般的学园，只招收具备特殊能力的学生，这种能力被称之为“爱丽丝”。因为好友今井萤（钉宫理惠 配音）转学从乡间来到了城里的爱丽丝学园，无论如何也不想和萤分开的佐仓蜜柑（植村加奈 配音）因此…

　　三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市，由此引发了严重的惨剧，而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁（Endymion）的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻（阿部敦 配音）和茵蒂克丝（井口裕香 配音）揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。心…

　　鮎沢美咲（藤村歩 配音）是一个个性十分好强的女生，童年悲惨的遭遇让她彻底对男性失去了信任感，和妈妈与妹妹一起的生活又使得美咲必须担负起男孩子的责任，长此以往，在他人眼中，美咲无疑拥有着十分不可爱的性格。在星华高中就读…

　　有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的…