故事发生在一个名为“弗洛尼尔德”的架空世界之中，迦雷特狮子团的公主蕾昂米修莉（小清水亚美 配音）带领着她的精锐部队大举入侵邻国比斯科迪共和国，身为共和国的公主，米希奥蕾（堀江由衣 配音）深深的为祖国的未来担忧着，无…

　　拥有各式奇怪能力、在人生低谷挣扎的自由业者流伟月（菊池风磨 饰），与另外六名同样处境糟糕的青年，被防卫省秘密召集。原以为只是例行通知，他们却突然被告知将承担“特殊任务”，以自身的怪癖与能力组成前所未有的英雄小队。七人…

　　　　在都内的某所高中，某天转入了两位转学生。她们是认真而天然、无法判断其言行的洲崎绫，以及展露天真烂漫的笑容、发呆吐槽皆有所长的西明日香。时而困惑时而爆笑，明日香和绫今天也度过快乐的一天。

　　　　作品主要围绕犀川研究室成员之一的犀川创平，以及犀川的恩师的女儿西之园萌绘两人展开，虽然萌绘并不是犀川研究室的成员，但参与了该研究室此次的研讨旅行，地点定在了妃真加岛。随后，在萌绘的提议下，犀川和萌绘前去拜访了座落…

　　　　町子凉（佐藤利奈 配音）的父母都在海外工作，相依为命的奶奶又不幸去世，小小年纪的凉不得不开始了独自一人的生活。没过多久，凉就发现，自己做饭的手艺竟然大不如从前，这让向奶奶保证勤练厨艺的她感到十分内疚。　　一次偶然…

　　即使是处于和平安宁的环境里，日本依然每年有8万4千的失踪报案。主人公相良凌介（西岛秀俊 饰）一家四口人原本过着幸福的日子，但某天，妻子和孩子们突然消失，凌介也因此受到了媒体的关注。凌介苦苦寻找家人，却没有任何进展。此时…

　　　　普通的上班族藤木户健二，他的妻子在忍者斗争中丧命。在他濒死之际，竟然被神祕的忍者灵魂附身了！捡回一命的藤木户，从此成为“忍者终结者”，专门终结忍者，为了复仇而战！以近未来都市新埼玉为舞台，忍者杀手VS忍者的生死决斗…

　　　　故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅…